Alex, Marty dhe kafshë të tjera nga zoo-ja gjejnë një mënyrë për të shpëtuar nga Madagaskari kur pingvinët rikonstruojnë një avion të dëmtuar. Avioni i riparuar me risk qëndron në ajër mjaftueshëm gjatë për të mbërritur në kontinentin afrikan. Atje, Nju Jorkasit ndeshen me anëtarë të racës së tyre për herë të parë. Afrika rezulton të jetë një vend i egër, por Alex dhe shokët e tij pyesin veten nëse është më mirë se shtëpia e tyre në Central Park.